На управление возложены задачи по обеспечению контроля за соответствием качества оказываемой медицинской помощи федеральным стандартам, а также лицензированию медицинской, фармацевтической деятельности и деятельности, связанной с оборотом наркотических средств и психотропных веществ. Координировать работу управления будет региональное министерство здравоохранения и социального развития.