Иммунизация населения Баговещенска осуществляется в соответствии с Федеральным законом № 157-ФЗ "Об иммунопрофилактике инфекционных заболеваний". В рамках национального календаря профилактических прививок поставка вакцины проводится за счёт средств федерального бюджета. На сегодняшний день план иммунизации населения выполнен на 99,8%.
Дополнительная иммунизация населения города Благовещенска в рамках Национального проекта "Здоровье" проводилась против гепатита "В", гриппа, кори и полиомиелита. Обеспечение вакциной осуществлялось за счёт средств федерального бюджета. План иммунизации против кори выполнен на 100 %. План иммунизации против гриппа выполнен на 100,0 % от поставленной вакцины, или на 79,9 % от подлежащих.
Как сообщили корреспонденту REGIONS.RU в пресс-службе городской администрации, против гепатита "В" на сегодняшний день первую и вторую аппликацию получили 100 % подлежащих. Полный комплекс иммунизации будет завершен к июлю 2009 года.Против полиомиелита всего иммунизировано на сегодняшний день:V1 - 1764 - 65,9 % от полученной вакцины и 68,9% от годового плана, V2 - 989 детей, V3 - 541 ребенок.По данным городского управления здравоохранения, благодаря большому объему профилактической работы по иммунизации населения города Благовещенска, проведённой в 2008 году, отмечается снижение заболеваемости по вирусным гепатитам в 1,7 раза. Случаев заболевания корью, краснухой и эпидемическим паротитом в 2008 году по городу не зарегистрировано.