На реализацию целевых программ здравоохранения "Безопасное материнство", "Развитие и совершенствование системы диагностики и лечения детей в Республике Башкортостан", "Охрана здоровья детей и подростков в Республике Башкортостан" в 2000 году Фондом обязательного медицинского страхования направлено 4,5 млн.
рублей, в 2001 – 19,3 млн. рублей, а в нынешнем запланировано перечислить 41 миллион. При этом значительная доля средств выделяется Федеральным фондом ОМС в виде целевых субвенций.
Ежегодно в соответствии с президентской программой "Дети Башкортостана" фонд направляет 6 миллионов рублей на летний отдых детей и подростков. Еще 9,26 млн. рублей пошли на оплату лечения граждан, застрахованных на территории нашей республики, в федеральных лечебных учреждениях. Вообще система межтерриториальных взаиморасчетов, когда граждане, имеющие полис ОМС, получают лечение за пределами республики и, соответственно, в Башкирию на лечение приезжают из других регионов, отработана и благополучно развивается. Таким образом фонд сотрудничает с 70 субъектами Российской Федерации.